海事司属于完完全全的内廷架构，只要是从正规渠道出海的船只，以及货物都要在海事司登记，同样海事司也有自己收取税银的权力，他们税银大部分移交给了户部，一小部分直接运到宫里面去，而这笔转运的银子是不在账目上的。
换句话来说，朝廷的银子清清楚楚，皇帝有多少钱，徐有贞一点都不知道。
在成化二十八年，海事司改制之后，就成为了内廷隶属机构，挂司礼监下，设置掌事太监一名，监察太监三名。
而掌事太监同样都在司礼监挂执笔太监，因为事关重大，海事司的掌事太监一年之内要往返京师三次，面圣汇报海事司之事。
海事司之中，掌握着从海外而来的大量白银，高层管事的全是太监，不管是中枢的内阁，还是地方官，都不敢小看他们。
满朝的官员都知道一件事情，那就是海事司有阴阳账簿，两本不同的账簿，一份是公开的，允许户部，乃至内阁查账，而另外一份就是保密状态的，只有宫里面才有权力查看。
在金银币铸造出来后，徐有贞专门提了一嘴海事司，说白了就是想看一眼海事司被隐藏起来的账本。
皇家在这么多年中，到底积累了多少的财富，也能从账本上看明白。
虽然，在徐有贞的内阁生涯中，对皇帝陛下一直保持着尊崇，几乎做到了说什么办什么，可在海事司的问题上面，两者之间还是存在着一些小的分歧。
徐有贞认为海事司现在都已经脱离朝廷的框架，长期以往的发展下去，会成为朝堂的毒瘤，而皇帝陛下却认为，在官僚体系下的管理下，海事司想要完成最远处的野蛮积累，是很有难度的，所以，此时的朱见深便一直主导海事司的独立。
海事司手下数百家大型海商，他不仅是出海的商人与江南的工坊合作的枢纽，还是收取海商每次出海的税银，而且还售卖武器船只。