建文四年，正月，燕王绕过朝廷重兵布防的城池，挥师南下直取京师。途经扬州，御史王彬与守城军士一起坚固城防，夜不卸甲，终因叛徒出卖被俘，大骂燕王慷慨赴死，作为大明朝第一代文官的缩影比后来那些所谓“成熟”的政治家，可敬可佩得多。
燕王顺江而下兵临京师，皇帝终于想起了那个内应徐增寿，生平第一次也是最后一次用剑将他斩杀于右顺门。
曹国公李景隆奉命镇守金川门却不战而降，打开城门迎接燕王叛军进入京师。魏国公徐辉祖带领手下军士与叛军巷战不止，最后退入中山王徐达的祠堂，誓死不逢迎燕王，后被禁足于王府，几年后郁郁而终。
叛军入城后，大明第一代有节操的文官精英几乎屠戮殆尽，那些“识时务”的文官们成为新朝的中间力量，暴戾成性的燕王还命令军士对紫禁城进行了灭绝人性的“清宫”三日，却没有发现皇帝朱允文的尸体。
第四天，燕王朱棣在京师称帝，年号永乐。
传说，曾有人看到一名身材高大，脸上有疤的锦衣卫护送伪装成和尚的皇帝逃出京师。