事情免不了要经过一番调查。这差不多用了两年的时间。调查事故原委这种事情是不可能在几个小时内完成的，电视里播放的新闻就是另一回事了。
一个小组去调查了真正的爪哇星辰号货轮的情况。从它安放龙骨开始，到装载着液化石油气驶离文莱，开往目的地澳大利亚西部弗利曼特尔港的整个过程。
证人们证实，该船由赫尔曼船长指挥，一切都很正常。此后不久，在绕过加里曼丹岛东北角的时候，海上有两个船长还见到过它。由于它载运货物的特殊性，两位船长都特别注意到它与他们相距很远，他们还在航海日志上记录了它的船名。
爪哇星辰号船长简短的求救信号播放给一位挪威的心理学家试听。该专家确认，确实是由他的挪威同胞用流利的英语说出来的，但似乎处于胁迫之下。
那位听到爪哇星辰号的位置并赶赴现场的水果船船长，也被追寻到了，并对他进行了一次采访。他重复了他听到和见到的情况。但海上消防专家认为，如果爪哇星辰号机舱内的火势是赫尔曼船长无法控制的，那么大火势必会引燃它载运的货物，引起整艘船爆炸燃烧。在那种情况下，在它沉没的水域里就不应该有救生衣在漂流。
在美军武装直升机的支援下，菲律宾特种部队对阿布沙耶夫反政府武装的大本营三宝颜半岛发动了一次袭击。经过仔细搜索，他们抓住了两个居住在丛林里的猎人。
这两位猎人偶尔也为恐怖分子作点事，但他们不想面对行刑队的枪口。他们供认，曾在丛林深处的一个狭窄的小海湾里看见过一艘中型化工船，有一群工人拿着乙炔气割机和电焊机在船上忙活。
爪哇星辰号调查小组一年后写了一篇调查报告。报告声称，爪哇星辰号并不是因为船上起火而沉没，而是被完整无损地劫持了，此后不厌其烦地作了一番刻意的准备工作，为的是使航运界深信它已经不复存在。“全体船员已经死亡”只是一个推断，还需要得到核实。