在华生还没有赶到部队以前，第二次阿富汗战役就爆发了。1880年春，他被派往印度。到达孟买后，他听说自己的部队“已经穿过要隘，进入了敌人的腹地”。在坎大哈（现在因其是塔利班从前的据点而闻名）——当年7月被英军占领——他加入了自己的团。他在团里的任务很简单；很快他被调到伯克郡旅（第66步兵旅）并加入战斗——即迈旺德战斗，在那场战斗中伯克郡旅因其英勇抵抗而获得荣誉。在看到同伴“被撕成碎片”之后，华生左肩被一颗捷则尔枪弹击伤，打碎了肩骨，擦伤了锁骨下面的动脉。他的勤务兵默里显示出了忠诚和勇猛，把他扔到一匹驮马的背上，安全地带回英国阵地来，使得华生免于落入“凶残的嘎吉人”之手。
华生在白沙瓦的后方医院逐渐康复，可又不幸的染上几乎致命的伤寒病。病愈之后，他退伍回到英国，那是1880年末或者1881年初。他在英国无亲无友，住在斯特兰德街上一家旅馆里，依靠11先令6便士一天的伤员抚恤金勉强度日。他以前的一位助手小斯坦弗把他介绍给一位在寻找同住房客的朋友，华生的生活就此改变：
“这位是华生医生，这位是歇洛克·福尔摩斯先生。”
“您好，”福尔摩斯热情地说，“我看得出来，您到过阿富汗。”
华生和歇洛克·福尔摩斯同住一室，1881年3月他随同伴调查了一桩案件。案子结束的时候，华生向福尔摩斯说了一句事关重大的话：“真是妙极了！……应该让大家都知道你的这些本领。你应当发表一篇关于这个案件的报告。如果你不愿意的话，我来替你写。”
“你愿意怎么办就怎么办吧，医生，”他回答说。
华生确实这样做了，尽管直到1887年他才安排出版“陆军军医部医学博士约翰·H.华生回忆录”，很明显得到了阿瑟·柯南·道尔的帮助，书的名字是《血字的研究》。