在游戏的过程中，其实剧情并不算很多，但每一段剧情都非常重要。
《黍离》这款游戏有好几个结局。
首先在皇城范围内，玩家可以选择支持不同的皇子，并在这个皇子做出某项决策时给予建议。
而这些皇子做出的选择，以及主角给出的建议都与接下来的剧情直接相关。
比如在异族入侵时，不同的皇子会有不同的选择，主角可以在异族入侵的不同阶段参战。
去的越早就越有可能将异族驱逐出去，减少平民被屠杀的情况，但也可能无暇解决中原地区的内部矛盾。
如果先解决中原地区的内部矛盾，例如参与灭佛行动，或者帮助僧人逃离，耽搁了时间，有可能造成异族边境战场的形势变化。
除此之外玩家还会跟儒家道家佛家兵家这四家产生密切联系。选择帮助他们可以获得来自他们的资源和帮助，但同时也会引发敌对势力的仇视。
玩家在游戏的历程中要不断地在一些关键节点上作出选择，不止是选A或者选B的路线问题，也有作出选择的时机问题，种种路径错综复杂，牵一发而动全身，都可能会影响最终的结局。
玩家在一周目应该是很难玩明白的，不过这款游戏本来就是为多周末而进行设计的，在多周目玩家可以体验不同的故事结局也可以针对性的对自己的角色进行培养，从而体验不同的战斗模式。
这种剧情模式的安排与《回头是岸》有本质的不同。
《回头是岸》其实只有一条主线，玩家虽然也可以打出不同结局，但总体来而言，不需要做出太多选择，更多的是感受游戏给自己带来的最原本的情感。
但《黍离》更像是在一个不断动态变化的世界中，玩家做出的每一个选择都会对世界上的大多数区域造成影响。
也许最终结局使玩家所获得的感受不会那么深刻和强烈，但玩家确实能够感受出来自己的一举一动都在影响着这个世界，而最终的结局是自己的一系列选择最终铸就的。