在方正忙于爆兵升级的同时，埃洛伊和少女们也继续在追踪那试图唤醒毁灭世界的机器的暗影卡加族。而且，她们也传回来了不少消息。
比如说，她们发现了幕后控制暗影卡加族的，是一个名为哈迪斯的人工AI，而这个AI正是盖亚系统的子程序之一，和赫菲斯托斯一样。
不仅如此，她们还了解了关于埃洛伊的身世，她是创造盖亚系统的伊丽莎白博士的克隆人，之前盖亚系统遭到攻击，所有子程序全部自动断线之后，为了确保计划能够顺利进行下去，盖亚系统便利用了最后剩下的资料创造了埃洛伊这个克隆人婴儿，将其放在外面交给诺拉族抚养。毕竟伊丽莎白博士是整个零之曙光计划的核心人物，所以埃洛伊才能够自由出入其他被封闭的设施——因为按照权限来说，继承了伊丽莎白基因的埃洛伊显然是最高的。
而她们也终于发现了零之曙光的真相。
那就是……重生。
人类的毁灭已经不可避免，因此为了让人类一族延续下去，伊丽莎白博士提出了“零之曙光”计划，那就是将人类的基因冷冻，保存下来，然后在适当的时候再将它们重新唤醒。
简单来说就是，所有人都死光了，然后只能够坐等那些机械军团自我毁灭，等它们毁灭之后，盖亚系统再重新改造地球，让那个已经被机械军团吞噬殆尽，化为焦土的星球重新恢复生机与活力。接着再利用基因克隆创造出婴儿，教授他们关于地球和人类历史的知识，最后延续人类文明。
在将此事报告给方正时，埃洛伊感慨不已，但是方正的反应却是……
“这什么智障计划？”
一面对眼前的蓝图进行修改，方正一面无语的望着旁边埃洛伊的全息影像。
“说真的，避难所都比这靠谱……他们怎么会想到这么愚蠢的玩意儿？真是无法理解。”